作霖处死，蔡元培带头募捐，帮烈士的长子李葆华去日本留学。

他和陈独秀的关系，更不用说了。两人以前就在一起共谋反清、制造炸弹。陈独秀后来两次被捕，蔡元培都出手相救。

以至于当蔡元培去世以后，陈独秀十分悲伤，在给友人的信中说：“弟前在金陵狱中，多承蔡先生照拂，公乃先我而死，弟之心情上无数伤痕中又增一伤痕矣!”

做为学者和政客，蔡元培与蒋介石毕竟有着本质的不同。

蔡元培的诉求是民主和法治，而蒋介石的目标则是权力。蔡元培虽然坚定地力主清党，但他主张用温和、法治的手段完成这项使命，蒋介石等人则毫不心慈手软，掀起了一场极为残酷的腥风血雨。

鲁迅后来说，“其实像蔡先生，也还只是一般地赞成进步，并不反对共产党而已。到底共产党革命是怎么一回事，他就不甚了然。他甚至于悲叹地说，国民党为了想消灭政治上的敌对者，连民族的存亡都可以不顾，这是他所始料不及的。可知他同情革命者，也不过为了民族而已”。