员、武器装备研制与采购和后勤保障等，司令为海军上将。平时，海岸警备部队在帝国国防大臣的授权、指导和控制下，负责海岸警备部队的领导与全面管理，战时则归属大本营海军大臣领导。海岸警备部队司令部下设警备参谋部、地区和区司令部。警备参谋部包括警备参谋长、副参谋长、助理司令以及专业机构和直属司令部，下辖执法与防卫作战、人事与训练、海上安保、采购工程等11个处、室。

帝国海军的作战部队具有双重组织体制和指挥隶属关系，在行政上，海军参谋部负责海军部队的后勤、训练和装备保障；战时由帝国大本营指挥全国海军部队，但是在作战原则上，海军部队必须遵循战略计划，由于不同的海军作战部队在地理位置上处于不同司令部的责任区，因此海军依据不同的作战辖区在大本营指挥下可将各舰队编成了若干个联合舰队，进行具体管理与实施行动。

帝国海军参谋部下辖北洋海军司令部和南洋海军司令部、太平洋海军司令部印度洋海军司令部，南北两洋海军司令和太平洋海军司令部司令为海军上将，印度洋海军司令部司令为海军中将。南北两洋海军舰队分别下辖水面舰艇部队司令部、潜艇部队司令部、陆战部队司令部。除潜艇司令部之外，其他舰种司令部对所辖部队无作战指挥权，主要负责所辖部队的行政管理和物资技术保障，实施人员调动、分配、后勤保障及组织训练。其中水面舰艇部队司令部、潜艇部队司令部、陆战部队司令部为海军中将，其他部队司令为海军少将。