乾隆帝亲自命名“安远”城和“绥定”城。这些新城镇不仅是屯田管理的核心区域，也成为吸引四方商贾进行贸易的商业中心，为当地带来了繁荣与发展。

乾隆二十六年（1761年），阿桂因其在伊犁屯田事务中的杰出表现，被授予一系列重要职务，包括内大臣、工部尚书、议政处行走和镶蓝旗汉军都统等。随着职位的提升，阿桂的责任和影响力也随之增加。次年（1762年），他又被授予骑都尉世职，并被召回京师，以供职询问方略，显示了乾隆帝对其才干的高度认可。

乾隆二十八年（1763年）正月，阿桂抵达北京后，立即被任命为军机大臣，并享有在紫禁城内骑马的特殊待遇。同年七月，乾隆帝对阿桂在军营中的表现给予高度评价，并下令将其一族从正蓝旗抬入上三旗之一。这一决定不仅提高了阿桂家族的社会地位，也是对他个人贡献的一种肯定。随后，阿桂被任命为正红旗满洲都统，并晋升为太子太保，进一步巩固了他在朝廷中的地位。

在京担任军机大臣期间，阿桂深受乾隆帝信任，频繁被委派出京处理地方事务。他参与审理归化城都统法启案件，赴直隶霸州、文安等地督办疏浚工程，并在乾隆二十九年（1764年）以署四川总督的身份巡查金川土司郎卡扰边情况。阿桂在处理这些事务时表现出的高效与妥善，赢得了广泛赞誉。

然而，更大的挑战出现在同年四月，天山南路乌什地区爆发了回部民众起义。起义军在首领赖和木图拉的带领下，反抗清朝官吏和当地上层贵族的压迫与剥削。鉴于阿桂对当地情况的熟悉，乾隆帝命令他前往乌什，与伊犁将军富察·明瑞合作，镇压起义。

阿桂与明瑞指挥清军围攻乌什，赖和木图拉在战斗中阵亡，但起义并未就此平息，其子额色木图拉继续领导反抗。从乾隆三十年（1765年）三月至八月，清军历经五个月的激烈战斗仍未攻克乌什。阿桂和明瑞最终采取长期围困策略，切断乌什与外界的所有联系，迫使起义军投降。额色木图拉被捕并被处决，而普通民众则得到了赦免。

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然而，乾隆帝对阿桂和明瑞在乌什起义中的表现并不满意，认为他们在处理过程中存在“剿办迟延”、“示怯损威”以及“办事草率错谬”等问题。因此，尽管最终平定了起义，两人仍被“交部严议”，后被从宽留任。阿桂也因此失去了尚书职务，留在伊犁协助明瑞治理事务。

在伊犁期间，阿桂提出了将雅尔城搬迁至楚呼楚的建议，以利用该地肥沃的土地和便利的地理位置，改善原先雅尔城距离牧场较远、耕地不足的问题。这一建议得到了朝廷的批准。乾隆三十二年（1767年），阿桂被任命为伊犁将军，成为了一位重要的封疆大吏。

四、对缅战争

乾隆三十三年（1768年），清朝与缅甸贡榜王朝之间的冲突升级，云贵总督明瑞在征缅战争中兵败自尽，这使得清朝面临着严峻的外交和军事挑战。为了应对这一局势，乾隆帝决定派遣高级将领进行反击。大学士傅恒主动请缨，乾隆帝随即任命傅恒为经略，并指定阿桂与钮钴禄·阿里衮为副将军，组成第四次对缅作战的指挥团队。

在接到任命后，阿桂迅速响应，于乾隆三十三年（1768年）三月奉召回京，四月被授予兵部尚书的职位，六月又被任命为云贵总督。同年十一月，阿桂抵达云南永昌，随即与阿里衮率领军队进攻缅甸旧都木梳。在此期间，乾隆帝为了确保阿桂能够全力投入对缅作战，于乾隆三十四年（1769年）任命明德接替阿桂担任云贵总督。

在备战过程中，阿桂一方面负责指挥军队攻打木梳，另一方面还需关注后勤保障问题。他在率军自铜壁关前往蛮暮督造战船时，向朝廷报告了军粮不足的情况，并请求等待