建立陈朝后，陈霸先和陈蒨依然拉拢陈羽、陈宝应，陈蒨进陈宝应为宣毅将军，加陈羽光禄大夫，甚至把陈氏一族编入宗室籍，其子女不论大小皆封爵。

陈宝应也知道，现在皇位争夺战已经落下帷幕，自家这种割据一方的局面不会长久，于是，与割据浙、赣的留异、周迪结成联盟，并娶留异女为妻。

果然，559年，陈朝开始实行消灭地方割据势力的政策。先是派萧乾为建安太守，想从闽江上游削弱陈宝应的势力，但因陈宝应阻挠，萧乾无法到任。

司空侯安都领军攻打浙江的留异时，陈宝应出兵支援；江州刺史吴明彻率军攻打江西的周迪时，陈宝应不但出兵，还出粮资助周迪。可惜两人均不敌官军，分别于562年和563年奔福州投附陈宝应。

这让陈蒨大怒，取消陈宝应的宗室属籍，发兵讨伐。派都督章昭达军由陆路、益州刺史领信义太守余孝顷军由海路夹攻闽地。陈宝应亦率军据建安湖漈，结水栅山寨以阻陈军前进。

天嘉五年564年，章昭达命军伐木结筏，乘溪水涨急时流放之，冲破陈宝应兵寨水栅，而后水陆急攻，适余孝顷率海路军至，陈宝应兵大败，率其子南逃，至莆田被俘。陈宝应及全家子弟20人被押送建康今南京斩首。

陈宝应被平定，同时捉到留异押送京都，在建康斩首示众，他的子侄及同党无论年龄大小全部杀死，惟有第三个儿子留贞臣因其娶公主为妻而获幸免。

章昭达的陆路军为何比海路军晚到那么多，是因为章昭达顺路收拾周迪去了。

周迪为避其锋芒，率部转战于山谷之中。临川郡百姓感激周迪在侯景之乱期间保境安民之德，虽遭章部诛戮，始终没有人肯周迪活动的消息。章昭达无计可施，转而攻打陈宝应、留异。

陈宝应和留异被平定后，周迪还在四处活动。

天嘉五年（564），周迪聚合部下，攻打东兴，收降镇守东兴的宣城太守钱肃，打败吴州刺史陈洋，杀虔化侯陈沙、陈留（今安徽广德）太守张遂，兵威大振。