内的微转录材料进行条形码。根据每个细胞的ui,即使细胞被裂解,在后续的分析中也可以找到转录信息。基于这一特点,10x noics chroiu平台同时测序数千个细胞。与sartseq 2等低通量方法相比,10x noics chroiu平台因其成本低、效率高而被更广泛地应用于b细胞检测。
在对多种scrnaseq方法的比较研究中,10x noics也比其他高通量方法如dropseq和drops[33]具有更高的灵敏度,更高的与线粒体基因匹配的reads比例,更低的噪声。利用10x noics和sartseq2平台,可以通过不同的免疫球蛋白重链特征区分crc中b细胞的亚群,聚类结果无明显差异。但是,10x noics也有不足之处,它不能覆盖所有的基因,并且存在3 '区域偏倚,在检测基因突变或rna剪接位点时可能会遗漏一些重要信息。此外,这种方法对细胞质量有更高的要求,不同的组织和不同的获取样本的方法都不同。利用scrnaseq,我们可以更精确地定义细胞的亚型,追踪它们的发育谱系,确定克隆型和表现型之间的关系,绘制不同细胞之间的相互作用和空间关系图,从而从多个维度描述t。此外,还需要通过一系列体内和体外实验来验证结果。我们总结了使用scrnaseq研究的最新出版物
r, bcr是一种能识别并结合特异性抗原的膜免疫球蛋白,在b细胞的分化成熟过程中起着重要作用。bcr由两条重链和两条轻链组成,其中可变v、多样性d和连接j基因序列的重组创造了b细胞的多样性。这种多基因的复杂性使得鉴别不同的受体变得困难。然而,由于每个b细胞通常表达一个单一的受体,潜在的抗原特异性受体可以通过给定的原细胞链发现。bcr的两个主要功能如下。首先,它通过诱导b细胞激活过程中肌动蛋白骨架的实质改变和各种基因的表达来激活b细胞。其次,它介导抗原的鉴定和提取,从而导致加工过的肽在主要组织相容性复合体ii hc ii上呈现给t辅助细胞。因此,bcr测序有助于进一步了解b细胞分化的轨迹及其特异性识别抗原性的机制,特别是当与单个b细胞的完整转录组身份配对时,这为了解癌症的发展了线索。更重要的是,bcr测序可以追踪来自单细胞的群体,揭示克隆型和表型之间的关系。scrnaseq技术在bcr测序中具有天然优势,因为含有ui的微流控系统可以保证同源vhvl配对的保存,而这些同源vhvl配对在b细胞批量测序中可能会丢失。basic是一个在单细胞分辨率上进行bcr测序的平台。作为重建配对全长bcr序列的工具,bracer为b细胞的克隆推断和谱系追踪了一个完整的管道。libraseq是一种高通量的方法,将bcr se序列与其同源抗原特异性连接起来,可以用来绘制特定对象中数千个b细胞的抗原特异性。
研究免疫球蛋白以探讨体液免疫的复杂性
免疫球蛋白存在于肿瘤和血清中,在肿瘤中起双重作用。抗体通过其片段可结晶fc支配功能,并受翻译后修饰调控。通常,免疫球蛋白是由骨髓和脾脏的浆细胞pcs分泌的。组织炎症区域和肿瘤内部的pc,特别是在三级淋巴结构tls中,分泌肿瘤相关抗体并直接在肿瘤上诱导原位效应。在抗肿瘤功能方面,igg是最重要的一类人免疫球蛋白,因为它能够结合巨噬细胞和自然杀伤细胞上的fcγ受体,并促进ad、adcp和cdc的作用。此外,igg对抗原处理和呈递至关重要,因为抗原呈递细胞cs上的fcγ受体可以与igg包被的免疫复合物结合,激活t细胞。抗体和抗体分泌细胞cs的单细胞测序有助于进一步明确b细胞体液免疫的复杂网络。已经报道了一种单细胞液滴微流控测序方案,用