此同时，雍正帝开始在与封疆重臣们的密折批示中表达对年羹尧的不满，并暗示相关大臣应及时表态，甚至揭发年羹尧的罪过与劣迹。这些大臣包括湖广总督杨宗仁、河道总督齐苏勒、直隶总督李维钧、安徽巡抚李成龙等。从雍正三年（1725年）初开始，雍正帝公开批评年羹尧，并通过几个具体事件进一步削弱他的威信。

首先是在金南瑛事件中，陕西巡抚胡期恒参劾了一位下属官员金南瑛，但雍正帝认为这是“妄参”，因为金南瑛曾是怡亲王保举的官员，而年羹尧被指为幕后主使，遭到点名批评，并被交由吏部议处。

紧接着，在三月，北京城出现了“日月合璧，五星连珠”的天象，督抚大臣纷纷上表称贺。雍正帝特意查看了年羹尧的贺表，发现他将“朝乾夕惕”写成了“夕惕朝乾”。雍正帝认为这不是简单的疏忽，而是年羹尧故意为之，以此来显示自己的不敬之意。

为了进一步孤立年羹尧，雍正帝开始拉拢那些曾与年羹尧关系密切的大臣，如史贻直、伊都立以及年羹尧的政敌四川巡抚蔡珽等人。尤其重要的是，雍正帝拉拢了年羹尧的主要部将岳钟琪，甚至谎称岳钟琪的父亲岳升龙是被年羹尧陷害的，从而挑拨年、岳二人之间的关系。

雍正三年（1725年）四月，雍正帝免去了年羹尧川陕总督兼抚远大将军的职务，调任他为杭州将军，而岳钟琪则接任川陕总督。年羹尧试图通过指使西安官民挽留自己，但雍正帝不为所动，并借机讽刺年羹尧，称是因为有“帝出三江口，嘉、湖作战场”的谶语，才命他前往杭州，验证是否属实。

在离陕之前，年羹尧与岳钟琪有几次私人对话，这些对话内容被岳钟琪一一上奏给雍正帝。年羹尧在这些对话中流露出对自己前途的担忧，岳钟琪则试图安抚他。然而，这些努力并未改变雍正帝的决心。

五月十七日，年羹尧离开西安，上了一道奏折承认自己的错误，并请求在仪征听旨。雍正帝并未批准，年羹尧只好前往杭州赴任。在此期间，内外官员对年羹尧的弹劾奏章如雪片般呈上，雍正帝多次要求年羹尧针对这些罪状作出回应，尽管年羹尧尽力为自己辩护，但已无法改变雍正帝的决心。

七月初二日，年羹尧抵达杭州接任，但他仍然保持着大将军的气势，随从众多。七月二十七日，雍正帝借口年羹尧的奏折中没有谢恩之语，罢免了他的杭州将军之职，贬为闲散章京，看守杭州东门庆春门。至此，年羹尧的权力和地位一落千丈，从一等公一路降至闲散章京，最终在九月二十二日被革去全部官爵。

随着年羹尧与雍正帝之间的关系日益恶化，朝中官员纷纷上书请求严惩年羹尧。内阁、九卿、詹事、科道等官员多次奏请雍正帝对年羹尧进行惩罚。面对这一压力，雍正帝并没有立即做出决定，而是命令内阁下旨询问各省将军、督抚、提督、总兵等官员的意见，要求他们公开具题，表达对年案的态度。

在时机成熟后，雍正帝于雍正三年（1725年）十月初五日正式批准将年羹尧锁拿进京，交由三法司问罪。然而，在此之前，即九月二十八日，散秩大臣拉锡就已经奉雍正帝密令抵达杭州，逮捕年羹尧及其家属。

当晚，拉锡等人派去的差役来到年羹尧看守的庆春门，叫醒了已经入睡的年羹尧，并欺骗他说北京有使臣到普陀山进香，已经到达杭州满城内的将军衙门，让他去见见使臣。年羹尧随之前往将军衙门，却被要求跪下听旨，拉锡随即宣读了收押他的圣旨，并将年羹尧锁拿。随后，年羹尧的家产被连夜抄没，其妻妾子女及家奴等人也被逮捕。

在被捕过程中，年羹尧表现得十分镇定，多次强调自己的清白，并安慰自己的儿子们不要害怕。他还与看守官兵谈笑风生，表现出一种从容不迫的态度。

十一月初五日，年羹尧